Tre år etter at de overlevende fra Battle Royale, Nanahara og Nakagawa, flyktet fra øyen, har verden gått inn i en epoke med terror. Nanahara, på flukt fra den internasjonale rettferdigheten, er leder for "Wild Seven", en terroristgruppe som motsetter seg BR og myndighetene, og som har erklært krig mot de voksne som tvinger ungdommer til å myrde hverandre under BR-loven. Nanahara blir anklaget for å være hjernen bak ødeleggelsen av Capitolium. I rettferdighetens navn har de voksne nå drevet igjennom en ny lov mot terrorisme, Millennium Anti-Terrorism Act, eller Battle Royale II.

42 niendeklassinger på vei til skiferie blir bortført av militæret. Alle elevene blir tvunget til å bære et dødelig elektronisk halsbånd, og deres oppdrag er å eliminere Nanahara eller dø. En av elevene nekter å delta i jakten på Nanahara, og et dødelig støt fra halsbåndet henretter eleven direkte på stedet. Ytterligere en elev blir henrettet. Nå er det bare 40 elever igjen... (Cover)