Det eksisterer en superhemmelig organisasjon et sted på kloden: "MIB" - deres jobb er å rapportere, undersøke, holde orden på, og, dersom det er nødvendig, eliminere utenomjordiske vesener som bor på vår egen planet (forkledd som mennesker). UFO-vitner er ofte rystet etter møter med disse superagentene, som er ganske enkelt kjent som Men in Black. To av de svartkledde agentene heter Kay og Jay, og det er disse to som finner ut at en intergalaktisk terrorist har annkommet jorden for å myrde to ambassadører fra to stridende solsystem. Kay og Jay må trå til for å forhindre at dette skjer, før det får fatale konsekvenser for Moder Jord! (Cover)

J har sett en del uforklarlige ting i løpet av sine 15 år med mennene i svart, men ingenting, ikke engang romvesener, forvirrer ham like mye som hans ironiske og tilbakeholdne partner K gjør. Når livet til K og hele planetens skjebne settes på spill, må agent J reise tilbake i tid for å ordne opp. Han oppdager at det finnes hemmeligheter i universet som K aldri fortalte ham om - hemmeligheter som vil bli avslørt når han slår seg sammen med den unge utgaven av agent K (Josh Brolin) for å redde sin partner, byrået og menneskehetens fremtid. (Cover)

Etter at agent Kay (Tommy Lee Jones) har trukket seg tilbake fra intergalaktiske politioppdrag, er det blitt en tøffere og enda mer bråkjekk agent Jay (Will Smith) som er tilbake, konstant på alerten, iherdig arbeidende med å få has på korrupt utenomjordisk aktivitet og holde den i sjakk i New Yorks travle storbygater. (Cover)