J har sett en del uforklarlige ting i løpet av sine 15 år med mennene i svart, men ingenting, ikke engang romvesener, forvirrer ham like mye som hans ironiske og tilbakeholdne partner K gjør. Når livet til K og hele planetens skjebne settes på spill, må agent J reise tilbake i tid for å ordne opp. Han oppdager at det finnes hemmeligheter i universet som K aldri fortalte ham om - hemmeligheter som vil bli avslørt når han slår seg sammen med den unge utgaven av agent K (Josh Brolin) for å redde sin partner, byrået og menneskehetens fremtid. (Cover)