I den siste filmen i trilogien møter vi først en ung Indiana Jones (River Phoenix) og får blant annet en forklaring på heltens legendariske frykt for slanger. Tilbake i "nåtiden" blir Jones kontaktet av en kunstsamler som foreslår at at han skal finne intet mindre enn den hellige gralen. Det viser seg at en annen arkeolog også er på jakt etter det samme relikviet, og at vedkommende har forsvunnet under jakten. Når Indiana Jones finner ut at denne arkeologen er hans egen far (spilt av Sean Connery) tar han opp letingen. Arbeidet blir ikke akkurat lettere når han stilles overfor en hemmelig naziagent...