Dune ligger i de fleste henseender temmelig langt fra filmene David Lynch har signert både før og senere. Men Herberts bestseller som ligger til grunn for filmen, har mange interessante trekk til felles med Lynch; tendensen til sammensmelting av drøm og virkelighet, visualiseringen av mentale bilder og forræderi-temaet (dvs. at ingenting er hva det gir seg ut for å være).
Handlingen er lagt åtte tusen år inn i fremtiden, til ørkenplaneten Arrakis (også kalt Dune). Planeten lider av vannmangel, og det lille vannet som finnes må resirkuleres for ikke å fordampe. I ørkenen bor det gigantiske sandormer som kan bli opptil en kilometer lange og som produserer et stoff som blant annet kan forlenge livet til menneskene. Den onde baron Harkonnen forsøker å sikre seg kontroll over stoffet, og som leder for Atreides-familien blir unge Paul (Kyle MacLachlan) nødt til å ta opp kampen mot Harkonnen-klanen.