Craig Schwartz er en begavet kunstner som uttrykker seg med en tynn tråd. Men markedet for dukketeater er ikke stort selv i verdensbyen New York. Craigs spede forsøk på dukketeater gatelangs møtes med likegyldighet eller knyttnever. Hans musegrå, dyrekjære kone Lotte foreslår for n´te gang at Craig får seg en jobb som andre vanlige dødelige. Motvillig studerer han stillingsannonsene og finner frem til LesterCorp, et bokstavelig talt lite firma - sju og en halv etasjer opp i Mertin-Flemmer-bygningen. Hvorfor firmaet forlanger duknakkede medarbeidere? Alt blir forklart, men neppe forstått, i LesterCorps presentasjonsvideo.

Craig møter vakre Maxine, og det er begjær ved første blikk - for Craig. Maxine er ikke tiltrukket av den nye arkivaren, som slukkøret vender tilbake til dokumenthaugene for mer fingernemt arbeid. Bak et arkivskap oppdager Craig en skjult dør som fører til en tunnel. Han krabber forsiktig innover i tunnelen, men ikke forsiktig nok. Døra slamrer igjen bak ham og et vinddrag feier ham over i andre enden. Et lysglimt senere oppdager Craig at han er inni en annen person - ingen ringere enn skuespiller John Malkovich! Dette kan være starten på uante muligheter - eller problemer...