Seibei (Hiroyuki Sanada) er en ubetydelig og underbetalt samurai med en ekstrajobb som kontorist for å få endene til å møtes. Mens de andre samuraiene tilbringer kveldene med å skylle ned sake på kneipa, er det rett hjem for Seibei. Han er enkemann og har to døtre og en gammel mor å ta seg av. Han må opp grytidlig for å klare alle plikter og får dermed kallenavnet Twilight Samurai. Han blir brått revet ut av sine daglige rutiner når han mot sin vilje får i oppdrag å drepe en kriger som har brutt med den strenge samurai-æreskodeksen. Oppe i det hele forelsker han seg i en kvinne på flukt fra sin ektemann.