Faneflukt bygger på en sann historie og begynner i en militærleir i det okkuperte Norge i 1941. Kjøkkenpiken Liv og den tyske underoffiseren Franz arbeider i underoffisersmessen og i leirens depot. Det utvikler seg raskt et sterkt vennskap mellom dem, noe Livs far ikke kan godta. Liv ser seg tvunget til å flytte hjemmefra, og hun og Franz forlover seg. Liv kjenner da ikke til at Franz er gift hjemme i Tyskland. Da leirens feltprest, pastor Lüllmann, får kjennskap til forlovelsen, og Franz ønsker skillsmisse, sørger han for å få Franz flyttet til fronten. (Cover)