"Hvorfor er Gud stille?" er et av spørsmålene som stilles i den andre filmen i Bergmans trilogi som tar for seg det metafysiske spørsmålet om menneskets plass i Guds univers (de to andre filmene er Såsom i en spegel og Tystnaden).

Handlingen utspiller seg på den svenske landsbygda, hvor pastor Thomas Ericsson sliter med en menighet som blir stadig mer glissen. Snart er det bare noen få igjen, blant dem en kvinne som er dypt forelsket i ham. Hans egen tro er også vaklende, og han har ingen svar å gi fiskeren Jonas Persson, som kommer til presten for å snakke om sin frykt for atombomben. Det eneste presten kan tilby, er usikkerhet og tvil.