Spania og Portugal trekker i 1750 opp grensene mellom landenes områder i Sør-Amerika. Hensikten var å bestemme hva som skulle gjøres med de landområdene som de mektige jesu ittene eide. Etter at en jesuittprest lider martyrdøden inne i jungelen, drar Fader Gabriel (Jeremy Irons) inn for å ta kontakt med indianerne som sto bak handlingen. De er be ryktet for sin grusomhet, og bare takket være sin musikk klarer han å bli venner med dem. En gjeng slavehandlere under ledelse av leiesoldaten Mendoza (Robert de Niro) har også tatt seg fram i jungelen. Ingen av de to vet at de begge snart skal befinne seg på samme side i kampen for å bevare indianernes liv og rettigheter. (NFI)